yNagaokaのブログ

このブログはNGS解析初心者がつまずいた部分と解決方法をまとめた覚書のようなものです。

2023-01-01から1ヶ月間の記事一覧

Singularityとは何か?の覚書ーその1

はじめに 今回はDockerと合わせて重要になるSingularityに関して簡単にまとめようと思います。Singularityの公式ユーザーガイドは以下を参照してください。 https://docs.sylabs.io/guides/latest/user-guide/:embed:cite Singularityとは? ・Singularityは…

samplepairlist.txtの作製方法に関しての覚書

はじめに さて、前回はsamplelist.txtの作製方法をまとめました。今回はsamplepairlist.txtの作製方法をまとめようと思います。(例題のサンプルは前回と同様です。) samplepairlist.txt (各項目は , 区切り)の形式おさらい ChIP-samplename,Input-samplena…

samplelist.txtの作製方法に関しての覚書

初めに Churrosを用いてChIP-seq解析を行うにはsamplelist.txtとsamplepairlist.txtが必要になります。少ないサンプル数であれば手動でリストを作製してもよいのですが、多いと手動だとしんどくなります。そこで効率よくsamplelist.txtを作製する方法をまと…