はじめに 私はWindowsユーザーでWSLを利用しているのですが、最近PCが異常にフリーズするしデータ解析中にストレージ不足のエラーが頻発するようになりました。 色々な記事を参考にしてストレージを開放するために奮闘したのでその作業の覚書を残しておこう…

はじめに 最近はSingularityの使い勝手がよく感じられて、Docker imageをbulidしてはSIFを作製しています。色々なツールを使っていると、あるものはPython3.9が必要だったり、あるものは3.7が必要だったりnumpyやpandasのバージョンが特定のものじゃないとエ…

はじめに NGS解析を始めると様々な解析ツールを使う機会が増え、GitHubやDockerHubで公開しているものに出会うと思います。それらを全く知らない初心者からしたら何それ？どうやって使うの？といった感じになると思います。ウェット出身の私もそうでした。今…

はじめに とある解析ができるようにDockerfileからDocker imageを作成して、それを基にSingularity imageを作ることにしました。その解析では特定のバージョンのPythonパッケージを使用する必要があり、Dockerfile内でそのバージョンを指定してインストール…

はじめに Singularityのイメージやインストール方法が分かったところで、今回はどうやって使うのかに関してまとめたいと思います。 Singularityの使い方 基本的にはDockerと同様にimageからコンテナを作成して実行します。 ・SingularityのコンテナであるSin…

はじめに Singularityとは何か？は前回のまとめで大体イメージができたかと思いますので実際にインストールしてみたいと思います。 SingularityCEをネイティブに動作させるにはLinuxシステムが必要です。また、Linux, Windows, Macそれぞれインストール方法…

はじめに NGS解析のコマンドを記事にまとめるにあたり記載方法はどうしたらいいんだろうか？という壁にぶつかりました。 今回はNGS解析やそれに関連するブログなどで良く使用されているマークダウン記法に関して簡単にまとめようと思います。 マークアップ・…

はじめに 今回はDockerと合わせて重要になるSingularityに関して簡単にまとめようと思います。Singularityの公式ユーザーガイドは以下を参照してください。 https://docs.sylabs.io/guides/latest/user-guide/:embed:cite Singularityとは？ ・Singularityは…

はじめに さて、前回はsamplelist.txtの作製方法をまとめました。今回はsamplepairlist.txtの作製方法をまとめようと思います。（例題のサンプルは前回と同様です。） samplepairlist.txt (各項目は , 区切り)の形式おさらい ChIP-samplename,Input-samplena…

初めに Churrosを用いてChIP-seq解析を行うにはsamplelist.txtとsamplepairlist.txtが必要になります。少ないサンプル数であれば手動でリストを作製してもよいのですが、多いと手動だとしんどくなります。そこで効率よくsamplelist.txtを作製する方法をまと…